澎湖群島，是個歷史悠久、民風淳樸，具有豐富海洋資源的地方。因此，當行政院文化建設委員會協助各縣市文化中心成立地方特色館時，本縣即選擇以介紹鄉土海洋資源的海洋資源館進行籌設。

民國七十六年行政院文建會委託中央研究院動物研究所張崑雄博士主持該研究規劃專案，標示出立館旨意主在闡揚地域性海洋資源及文化特色，民國八十三年本局委託君翰設計工程有限公司規劃設計，在鄭明修博士協助下，年底完成第一期工程（A館），並開放啟用。

民國八十四年，本局繼續籌措經費辦理二、三期工程（B館），除由澎湖縣政府編列叁佰柒拾伍萬元預算支應外，並獲行政院文件會補助壹仟萬元，乃於八十四年十二月委託規劃，八十五年五月完成施工設計，十月進行工程發包由澎湖企業有限公司得標施工，八十六年三月竣工，四月十二日開館啟用。

本館第一期工程共分十三個單元，側重於燈片圖照解說，期參觀者瞭解澎湖海洋文化梗概。第二、三期工程計有十一個單元，強調實務實景，展現豐沛海洋資源，可謂環環相扣，前呼後應。
本館能順利完工啟用，實為地方海洋專業人士攜手合作之集體創作，特別表示敬意與感謝。